Keisarin Sukuseura perustettiin vuonna 1989 Soinissa. Sukututkimustyö Soinin ja lähialueiden väestön sukuyhteyksien ja esivanhempien selvittämiseksi oli alkanut jo aikaisemmin. Alkuvaiheessa aktiivinen toiminnan käynnistäjä oli suvun oltermanni Aimo Pesola.
Tutkijaryhmät muodostettiin selvittämään suvun ja esi-isien tietoja koskien sekä suomenkielisiä että ruotsinkielisiä sukuhaaroja. Tutkimustyön tuloksena päädyttiin valitsemaan suvun alkulähteeksi Soinin Kuninkaanjoella sijaitseva Keisarin talo, johon oli tullut vävyksi Vilppu Keisari. Sukumme esivanhemmiksi tulivat siten talollinen Vilppu Keisari, synt. 1562 ja hänen puolisonsa Marketta Pietarintytär Hämäläinen, synt. 1585.
Keisarin suvun pääasiallinen levinneisyysalue on vanha Pedersören emäseurakunta. Sukumme jäseniä levittäytyi aluksi Soinin lähialueille ja hyvin pian Ähtävänjoen myötäisesti käsittäen nykyisen Järviseudun ja ruotsinkielisen Pohjanmaan alueet Pietarsaaresta Soiniin ja Ähtäriin sekä Keski-Suomen länsiosiin saakka.
Vilppu Keisarin ja Susanna Hämäläisen jälkeläiset heidän lastensa mukaan: 1. Pietari, 2. Marketta, 3. Matti, 4. Valpuri, 5. Erkki ja 6. Juha.
Suvun asuma-alueen laajetessa jälkipolvia siirtyi myöskin ruotsinkieliselle rannikkoseudulle. Keisarin suvun rinnakkaissukuja ovat mm. Strang ja Spangar.
Vilppu Keisarin syntyperä on edelleen epäselvä. Tutkimusdokumenteista ei ole löytynyt varmaa tietoa siihen. Aluksi epäiltiin, että oliko Vilppu mahdollisesti Saksasta Ruotsiin kaivosteollisuuden kehittäjiksi tulleiden "Keisareiden" jälkeläinen. Tämä teoria on kuitenkin myöhemmin hylätty ja sen sijaan on selvitetty muita vaihtoehtoja. Suomessa on lukuisia "Keisari"-nimisiä paikkoja, mutta mistään niistä ei ole löytynyt yhteyttä sukumme esi-isään.
Vilpun isälinjan jälkeläisille tehdyn geenitutkimuksen perusteella Vilppu kuuluu suomalaisten haplo-pääryhmään N. Kuitenkin tutkijoita edelleen askarruttaa tarkempi tieto Vilpun syntyperästä. Tähän kysymykseen toivotaan uusimman dna-geenitutkimuksen antavan lisää valaistusta.